تولي أدارة وقف الرفيف العلمي اهتمامًا خاصًا بمفهومها المعاصر للحوكمة في إدارة عملها للمؤسسة والشركات التابعة لها. وقد تم تطوير قواعد وأنظمة الحوكمة. بالإضافة إلى توقيع العديد من اتفاقيات التعاون مع الشركات التي تقدم هذه الخدمات. كما هو الحال مع جميع الكيانات ذات الصلة بالأوقاف، فإن قواعد حوكمة شركة وقف الرفيف العلمي للدكتورة عائشة محمد المانع تضع نظام الحوكمة والرقابة لإدارة أعمال الشركة وعلاقاتها مع الشركات التابعة لها وأصحاب المصلحة في المقام الاول.